В письме от 25.12.15 № 03-11-11/76394 Минфин напомнил, что организации, применяющие УСН, в общем случае не являются плательщиками НДС, не обязаны составлять счета-фактуры, вести книгу покупок, книгу продаж и отчитываться по НДС.
Поэтому при реализации товаров указанными организациями счета-фактуры покупателям не выставляются, и при расчетах с ними в первичных учетных документах не выделяются суммы НДС.
Если продавец, применяющий УСН, выставил покупателю счет-фактуру с выделением суммы НДС, то он обязан исчислить и уплатить в бюджет сумму НДС, которая определяется как сумма налога, указанная в счете-фактуре, переданном покупателю (пункт 5 статьи 173 НК).
С 1 января 2016 года вступает в силу федеральный закон от 6 апреля 2015 г. N 84-ФЗ. Данным законом из состава доходов, учитываемых при УСН, исключаются суммы НДС, уплаченные покупателями в связи с выставлением счетов-фактур.
Источник: Audit-it.ru