Поскольку налог на добавленную стоимость и НДФЛ являются федеральными налогами, сумма излишне уплаченного НДС может быть зачтена в счет недоимки по НДФЛ. Об этом проинформировал Минфин России в письме от 30.08.16 № 03-07-11/50432, тем самым закрепив свою позицию по данному вопросу.
Чиновники ссылаются на положения статьи 78 Налогового кодекса. Эта норма предусматривает проведение зачета налогов по их видам (федеральным, региональным, местным). Так, зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов производится по федеральным налогам, а также по пеням, начисленным по федеральным налогам. Правила, предусмотренные статьей 78 Налогового кодекса, применяются в отношении налогоплательщиков и налоговых агентов (п. 14 ст. 78 НК РФ). Как пояснили авторы письма, действующее законодательство не запрещает проводить зачет излишне уплаченного одного федерального налога в счет погашения недоимки по другим федеральным налогам. Следовательно, сумма излишне уплаченного НДС может быть зачтена в счет погашения недоимки по НДФЛ.
Аналогичные аргументы приведены в письме Минфина от 25.03.16 № 03-02-07/1/19163, в котором чиновники разрешили зачесть излишне уплаченный налог на прибыль в счет погашения задолженности по НДФЛ.
Напомним, что ранее чиновники возражали против зачета налога на прибыль или НДС в счет уплаты НДФЛ. В Минфине объясняли это тем, что переплата по налогу на прибыль или НДС возникает у организации, а задолженность перед бюджетом по НДФЛ — у физических лиц (см., например, письмо Минфина России от 19.02.10 № 03-02-07/1-69). Однако суды повсеместно признавали такой подход ошибочным. В частности, ФАС Поволжского округа указал на следующее. С того момента, как налоговый агент удержал налог из дохода работника и не перечислил его в установленный срок, должником перед бюджетом становится именно налоговый агент (п. 1 ст. 24, ст. 45 НК РФ). Соответственно, НДС может быть зачтен в счет недоимки по НДФЛ, удержанному с выплат в пользу работников (постановление от 29.10.09 № А12-7239/2009).