Если организация имеет в своем составе представительства или филиалы, то налоговая инспекция может (п. п. 2, 7 ст. 89 НК РФ):
или проверить эти обособленные подразделения в рамках общей выездной проверки головной организации;
или провести самостоятельную выездную проверку филиалов и представительств организации.
Предметом самостоятельной выездной проверки филиала или представительства организации может быть только правильность исчисления и своевременность уплаты региональных или местных налогов (п. 7 ст. 89 НК РФ).
Соответственно, проверить правильность исчисления и своевременность уплаты федеральных налогов (ст. 13 НК РФ) в рамках самостоятельной проверки филиалов или представительств налоговые инспекции не вправе. Это справедливо и в отношении федеральных налогов, предусмотренных специальными налоговыми режимами (письмо Минфина России от 28.03.2011 № 03-02-08/32).
В связи с этим Минфин России в письме от 19.01.2017 № 03-02-07/1/2022 сообщил, каким образом инспекции могут направлять документы в случае проведения самостоятельных выездных проверок филиалов (представительств) организации, а также – когда такие документы считаются полученными налогоплательщиком.
Источник: buhgalteria.ru