Если ИП работает в компании по трудовому договору, он должен платить страховые взносы за себя, как за ИП. Письмо Минфина России от 29 декабря 2018 г. N 03-15-05/96595.
ИП платит взносы на обязательное пенсионное и медицинское страхование (п.1 ст.419 НК РФ). Размер взносов, которые платит предприниматель, зависит от размера годового дохода. Независимо от того, получил ли ИП доходы от бизнеса в текущем году, он обязан заплатить взносы.
В случае отсутствия предпринимательской деятельности, ИП платит страховые взносы в фиксированном размере, который установлен законодательством. За 2018 г. платеж составляет 26 545 рублей ( пп.1 п.1 ст.430 НК РФ).
Организация обязана платить страховые взносы с выплат гражданам, которые работают по трудовым договорам (п.1 ст.419 НК РФ). При этом не имеет значения, являются ли работники индивидуальными предпринимателями или нет.
Таким образом, если предприниматель работает в организации по трудовому договору, компания должна платить за него страховые взносы в общем порядке. При этом уплата организацией взносов за ИП, как за работника, не освобождает его от уплаты за себя, как за ИП, ежегодных фиксированных платежей на обязательное пенсионное и медицинское страхование.