Доходы в виде субсидий, полученных малым или средним предприятием в соответствии с Федеральным законом от 24.07.2007 № 209-ФЗ «О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации» в связи с коммерческой деятельностью, не относятся к средствам целевого финансирования, целевым поступлениям и другим средствам, указанным в пунктах 1 и 2 статьи 251 Налогового кодекса РФ.
Поэтому данные доходы не освобождены от налогообложения.
При применении УСН независимо от выбранного объекта налогообложения такие субсидии включаются в состав доходов в особом порядке — пропорционально фактически осуществленным за счет них расходам, но не более двух налоговых периодов с даты их получения.
Если по окончании второго налогового периода сумма полученных субсидий превысит величину потраченных и признанных в расходах средств, указанную разницу следует отразить в доходах данного налогового периода (п. 1 ст. 346.17 НК РФ, письмо Минфина России от 11.11.2016 № 03-11-11/66013).
В письме от 28.09.2017 № 03-11-06/2/62961 Минфин России напомнил, как вести учет полученных субсидий в Книге учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих УСН.