Если организация (ИП) реализует своим работникам товары (работы, услуги), при такой реализации, вне зависимости от способа расчета, необходимо применять ККТ.
Источник: Письмо ФНС России от 16.07.2020 № АБ-4-20/11542
В том числе в случае, когда оплата за такие товары (работы, услуги) производится посредством удержания денег из зарплаты.
А вот если товары от организации работник получает в качестве натуральной зарплаты и удержание денежных средств из зарплаты сотрудника за эти товары предусмотрено трудовым или коллективным договором, применять ККТ при таком удержании не требуется.