Счет-фактура оформлен одной датой, а отправлен поставщиком через оператора ЭДО позднее (например, в следующем квартале).
Согласно порядку выставления счетов-фактур по ТКС (приказ Минфина от 10.11.2015 № 174н) датой получения покупателем счета-фактуры считается дата направления ему оператором ЭДО файла счета-фактуры продавца, указанная в подтверждении оператора ЭДО. Только если оно поступило, счет-фактура считается полученным покупателем.
На эту же дату можно принять НДС к вычету. Проблемы не будет, если поставщик начислит НДС в предыдущем налоговом периоде, поскольку дата счета-фактуры одна и та же, уверяет ФНС.