НДФЛ, подлежащий уплате по месту нахождения обособленного подразделения организации, определяют исходя из суммы дохода работников этого подразделения, в т. ч. по договорам гражданско-правового характера.
В соответствии с пунктом 7 статьи 226 Налогового кодекса НДФЛ нужно платить так.
Если на момент уплаты НДФЛ сумма исчисленного налога с начала года составила 650 000 рублей или менее (т. е. доход в пределах 5 млн рублей), налог платится в обычном порядке как по месту учета организации, так и по месту учета ее обособленных подразделений.
Если же на момент уплаты налога НДФЛ превысил 650 тысяч рублей, — уплата налога производится по месту учета налогового агента, а также по месту нахождения каждого его обособленного подразделения в следующем порядке: отдельно уплачивается сумма налога в части, которая меньше 650 тысяч рублей (по доходу в пределах 5 млн рублей включительно); отдельно уплачивается часть суммы налога, превышающая 650 тысяч рублей (по доходу, превышающему 5 млн рублей).
Если сотрудник в течение месяца работает в нескольких обособленных подразделениях организации, то НДФЛ с доходов такого работника нужно перечислять в соответствующие бюджеты по месту нахождения каждого обособленного подразделения с учетом отработанного времени.
Об этом напоминает Минфин России в письме от 17 марта 2021 г. № 03-04-06/18696.