Сам по себе факт закрытия обособленного подразделения, на которое было зарегистрировано транспортное средство (ТС), не является основанием для снятия с учета организации в ИФНС по месту нахождения ТС.
Как известно, транспортный налог (авансы по нему) уплачивается в бюджет по месту нахождения транспортных средств. А местом нахождения наземных транспортных средств признается место нахождения владеющей ими организации или её ОП, на которое это транспортное средство зарегистрировано.
При этом организации ставятся на учет и снимаются с учета в ИФНС по месту нахождения ТС на основании сведений, которые сообщают налоговикам регистрирующие органы (например, ГИБДД).
Следовательно, при отсутствии в инспекции сведений об изменении места госрегистрации транспортного средства (в т.ч. в связи с закрытием организацией обособки) отсутствуют и основания для снятия с учета организации в ИФНС по месту нахождения транспортного средства.
В такой ситуации, до изменения сведений регистрирующих органов, организация уплачивает транспортный налог с учетом налоговых ставок и льгот, действующих в регионе по месту нахождения закрытого ОП, на которое было зарегистрировано транспортное средство (Информация ФНС).