Если обеспечительный платеж перечислен по предварительному договору до подписания договора аренды, с полученной суммы платить НДС не нужно. Письмо Минфина от 28 декабря 2018 г. № 03-07-11/95829.
Кроме того, такой обеспечительный платеж не учитывают как предоплату в целях НДС и в том случае, если арендодатель оставил его себе как неустойку.
Связано это с тем, что обеспечительный платеж не связан с оплатой услуг аренды. По общему правилу, деньги, полученные организацией и не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), НДС не облагаются.
А вот если обеспечительный платеж перечисляют в рамках договора аренды, то он считается оплатой (частичной оплатой), которая получена в счет предстоящей аренды. Поэтому с такого обеспечительного платежа нужно заплатить НДС.
Если обеспечительный платеж внесен до заключения договора аренды и зачтен в счет обеспечительного платежа по договору аренды, то перечислить НДС придется на момент заключения договора аренды.
Если обеспечительный платеж внесен после заключения договора аренды, то заплатить НДС нужно на момент получения денег.