Организация, у которой есть обособленные подразделения, вправе перейти на УСН. Но нужно иметь в виду, что обособка обособке рознь.
Источник: Письмо Минфина от 28.04.2021 № 03-11-06/2/32518
Дело в том, что в НК прямо указано, что применять УСН не вправе организации, имеющие филиалы. А филиал — это обособленное подразделение юрлица, расположенное вне места его нахождения и выполняющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства.
А вот если у организации есть просто обособленное подразделение (рабочие места) вне места нахождения головного офиса, никто не мешает ей перейти на упрощенку. Естественно, при соблюдении всех прочих условий.
Кстати, если организация решит закрыть все свои филиалы, то перейти на УСН она сможет только с начала следующего календарного года.