Если компания списывает ОС досрочно из-за физического или морального износа, восстанавливать входной НДС по нему не нужно.
Организация должна восстановить входной НДС, ранее принятый к вычету, если приобретенное имущество (работы, услуги) будет использоваться в деятельности, не облагаемой НДС.
По вопросу об обязанности восстанавливать суммы НДС существует позиция ВАС РФ, изложенная в решении от 23.10.2006 № 10652/06.
Восстанавливать и уплачивать в бюджет ранее правомерно принятые к вычету суммы НДС плательщик обязан только в случаях, предусмотренных законодательством.
Все случаи, при которых суммы налога должны быть восстановлены, перечислены в пункте 3 статьи 170 НК РФ.
Соответственно в случаях, не перечисленных в этой норме, суммы НДС восстанавливать не нужно.
Таким образом, плательщик НДС не обязан восстанавливать суммы этого налога, ранее правомерно принятые к вычету, если он списал с баланса основные средства по причине их физической непригодности и морального износа.