Документом, на основании которого производится вычет НДС при приобретении товаров, является счет-фактура.
Поэтому, если сотрудник купил на подотчетные деньги товары для нужд организации, к вычету НДС на основании одного только чека ККТ организация принять не сможет.
На это не раз указывал Минфин в своих письмах.
Подтвердил он эту точку зрения еще раз в письме от 16.11.2021 г. № 03-07-11/92493.
Продавец может выдать лицу, которое приобретает на деньги фирмы товары для ее нужд, только кассовый чек без счета-фактуры (п. 7 ст. 168 Налогового кодекса).
Чтобы этого не случилось, подотчетному лицу нужно выдать доверенность от имени компании.
В таком случае представителю организации продавец обязан выдать счет-фактуру, по которому вы сможете принять НДС к вычету.