Если вы применяете освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика по НДС (ст. 145 НК РФ), декларацию представлять в налоговый орган не нужно. Такое разъяснение дал Минфин России в письме от 11.11.2019 № 03-07-07/86820
Важно не нарушить условие на период действия льготы: счета-фактуры с выделенной суммой налога вы не выставляете; вы не выполняете обязанности налогового агента по НДС.
Согласно п. 4 ст. 145 НК РФ по истечении 12 календарных месяцев применения льготы по НДС нужно представить подтверждающие документы. В них должно быть доказательство, что в течение срока применения освобождения сумма выручки за каждые три последовательных календарных месяца в совокупности не превышала два миллиона рублей.
Если эти документы не предоставить, или предоставить документы, содержащие недостоверные сведения, придется заплатить НДС и пени. Санкции последуют и в том случае, если налоговый орган установит, что ограничения не были соблюдены.
Вопросы по представлению декларации по НДС могут возникнуть в том случае, если в период освобождения организация проводила операции, не облагаемые налогом по ст. 149 НК РФ. В своем письме ведомство не учло такой момент.
В отчетности по НДС предусмотрено заполнение раздела 7 «Операции, не подлежащие налогообложению…» В этом разделе отражается стоимость приобретенных товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению налогом в соответствии со статьей 149 НК РФ.
Думается, что при наличии операций, не подлежащих налогообложению в соответствии со ст. 149 НК РФ, организация должна предоставить декларацию по НДС даже в период применения льготы, предусмотренной ст. 145 НК РФ.