Количество отсутствующих счетов-фактур не влияет на размер штрафа за такое нарушение.
Источник: Письмо Минфина от 14.10.2019 № 03-02-07/1/79228
Отсутствие счетов-фактур относится к грубым нарушениям правил учета доходов/расходов и объектов налогообложения. Наказание за такой проступок установлено ст.120 НК и дифференцируется в зависимости от того, совершено ли нарушение в одном или более налоговых периодах, а также от того, повлекло ли это нарушение занижение налоговой базы.
Поэтому, если нарушение в виде отсутствия счетов-фактур (вне зависимости от их количества) совершено в течение одного налогового периода (квартала) и не привело к занижению НДС-базы, компании-нарушителю грозит штраф в размере 10 тыс. рублей.