При подаче пояснений по НДС на бумаге они считаются непредставленными.
Минфин напомнил, что если пояснения запрашиваются у тех налогоплательщиков, которые обязаны отчитываться по НДС только в электронном виде, то такие пояснения также надо направлять по ТКС через оператора по формату, утвержденному ФНС. Если такие пояснения сданы на бумажном носителе, то они не считаются представленными.
Что касается других деклараций – НК не ограничивает налогоплательщиков в выборе способа представления пояснений. Так что пояснения по другим налогам можно направить как на бумажном носителе, так и в электронной форме (письмо от 22.07.19 № 03-02-08/54231).