Правила округления сумм НДС, отражаемых в налоговой декларации, к счетам-фактурам и книге продаж не применяются.
Источник: Письмо Минфина от 15.10.2019 № 02-07-10/79001
В п.6 ст.52 НК сказано, что сумма НДС исчисляется в полных рублях. При этом сумма налога менее 50 копеек отбрасывается, а сумма налога 50 копеек и более округляется до полного рубля.
Минфин напоминает, что эта норма регулирует порядок исчисления суммы НДС к уплате, которая отражается в НДС-декларации. А к правилам заполнения счетов-фактур и книги продаж никакого отношения не имеет. В этих документах сумма НДС указывается в рублях и копейках.
Поэтому возникшая в результате округления разница между суммой НДС, указанной в декларации в полных рублях, и с суммой налога, которая указана в книге продаж за соответствующий период, не признается недоимкой.