Организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, не признаются налогоплательщиками НДС, кроме случаев уплаты «экспортного» налога при ввозе товаров на территорию РФ и «агентского» НДС при аренде муниципального имущества (п. 2, 3 ст. 346.11 НК РФ).
Поэтому при реализации товаров (работ, услуг) они не должны составлять счета-фактуры. Если же счет-фактура выставлен, причем с выделением НДС, то организации и предприниматели, применяющие УСН, должны уплатить налог в бюджет и сдать декларацию по НДС (п. 5 ст. 173 НК РФ).
Однако при этом налогоплательщик УСН не становится налогоплательщиком НДС, а значит, он не имеет права на применение налоговых вычетов.
Об этом напомнил Минфин России в письме от 11.01.2018 № 03-07-14/328.
Аналогичная точка зрения высказана в постановлении Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 № 33 «О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость».