Если покупатель внес предоплату до 01.01.2019 г., а после этой даты доплатил продавцу 2% НДС из-за повышения ставки, он может принять доплаченную сумму к вычету по корректировочному счету-фактуре продавца (письмо Минфина России от 12.04.2019 г. № 03-07-11/26126).
В ведомстве объяснили, что если покупатель доплачивает налог в размере 2-х процентных пунктов с 01.01.2019 г., то такую доплату не следует рассматривать в качестве дополнительной оплаты стоимости, с которой необходимо исчислять НДС по ставке 20/120.
Ее следует рассматривать исключительно в качестве доплаты суммы налога.
Поэтому продавец при получении доплаты налога должен выставить корректировочный счет-фактуру на разницу между показателями суммы налога, а не к показателю увеличенной стоимости товара.
Таким образом, этот случай требует, чтобы продавец выставил корректировочный счет-фактуру на разницу между суммой налога по первоначальному счету-фактуре с НДС 18%, и суммой НДС, рассчитанной с учетом доплаты налога.