При изменении стоимости выполненных работ в сторону увеличения, покупатель имеет право принять к вычету НДС независимо от периода выполнения таких работ (письмо ФНС России от 17.06.2015 № ГД-4-3/10451@).
Напомним, что при изменении стоимости выполненных работ, продавец должен выставлять покупателю корректировочный счет-фактуру. Документ должен быть составлен не позднее пяти календарных дней с момента подтверждения согласия покупателя на изменение стоимости (п. 3 ст. 168 НК РФ). При этом каких-либо ограничений в отношении периода, за который может быть произведен перерасчет стоимости и, соответственно, выставлены корректировочные счета-фактуры, не предусмотрены.
Следует также отметить, что при увеличении стоимости выполненных работ, вычетам у покупателя подлежит разница между суммами налога, рассчитанного из стоимости выполненных работ до и после ее увеличения. Такой вычет может быть предоставлен не позднее трех лет с момента составления корректировочного счета-фактуры.