Организации, имеющие филиалы, не вправе применять УСН. Но перейти на упрощенку можно, если филиалы вовремя закрыть.
Источник: Письмо Минфина от 04.10.2019 № 03-11-11/76462
Сведения о филиалах организаций содержатся в ЕГРЮЛ. О закрытии филиала организация обязана сообщить налоговикам для внесения соответствующих сведений к реестр. Т.е. прекращение организацией деятельности через филиал отражается в ЕГРЮЛ. После того, как компания будет проходить в ЕГРЮЛ как не имеющая ни одного филиала, никаких помех для перехода на УСН (при соблюдении прочих условий) больше не будет.
Не забывайте, что перейти на УСН можно только с начала календарного года. Следовательно, если фирма собирается закрывать филиалы и подумывает о переходе со следующего года на упрощенку, вопрос с ликвидацией филиалов нужно решить до конца текущего года.